De eerste Joodse handelaren die zich omstreeks 1840 in Emmen vestigden vielen onder de Joodse gemeente van Coevorden. Omdat hun aantal snel toe nam werd Emmen in 1876 door het Nederlands Israëlitisch Kerkgenootschap als zelfstandige gemeente erkend.

In 1878 werd een synagoge ingericht, die in de volgende decennia nog enige malen vergroot zou worden. De joodse gemeente had van 1885 tot 1915 de beschikking over een eigen begraafplaats, gelegen aan het Oranjekanaal in de richting van het gehucht Westeres. In 1915 werd achter de synagoge aan de Julianastraat een nieuwe begraafplaats in gebruik genomen. Er was in Emmen een joodse godsdienstschool, een studiegenootschap voor mannen en een vrouwengenootschap voor het onderhoud van het synagoge-interieur. In twintiger jaren van de twintigste eeuw was er ook een joods toneelgroepje actief in Emmen.

Omdat de Duitsers in de tweede wereldoorlog ook nagenoeg alle leden van de Emmense Joodse Gemeente hadden uitgeroeid raakte de synagoge in verval. In 1973 kon sloop voorkomen worden door overname door de gemeente Emmen, die de synagoge vervolgens prachtig heeft laten restaureren. Het gebouw bleef echter ongebruikt. Stichting Emmer Sjoel Sjemmesj is opgericht met het doel de voormalige synagoge weer te integreren in het culturele leven van Emmen en omstreken.